Come layer?
Quella che mi hai fatto vedere è già di suo un'immagine, solo che è tipo a 1 bit di profondità colore. Quindi modificandola con un programma di ritocco fotografico non vai ad intaccare il formato della pagina, cosa che invece faresti se fosse vettoriale.
I programmi che hai a disposizione aprono i file .pdf? Se sì, salva pagina per pagina in JPEG come fossero più file, poi combinale in un pdf unico. E' probabile comunque che la dimensione del file aumenti, perchè per quanto compresso il formato JPEG mi pare non supporti un formato colore inferiore ai 16bit (o se lo supporta rischi che alcuni programmi non te lo aprano, non ricordo esattamente).
[EDIT] Leggo ora. Ok, allora puoi fare così:
1) Importi con Gimp il PDF.
2) Cancelli tutte le pagine tranne la prima.
3) Salvi in JPEG.
4) Riparti dal punto 1) ma nel punto 2) passi alla successiva pagina.
A questo punto puoi usare un qualsiasi PDF Writer per combinare i vari file JPEG in un unico PDF.
