Tutto comincia da Byrgenwerth, un accademia situata in un luogo isolato, eretta sopra alle catacombe di una antica civiltà, gli Pthumeriani.
Gli esploratori delle catacombe vengono a conoscenza dei misteriosi riti di sangue degli Pthumeriani, che attraverso il sangue entravano in comunione con i Grandi Esseri e riuscivano a trascendere i limiti umani.
Master Willem, rettore di Byrgenwerth intuisce la pericolosità insita nell’uso del sangue degli antichi, e conia un monito di avvertimento: “Fear the Old Blood”.
A un certo punto, all’interno dell’accademia si genera uno scisma. Da una parte Willem, che crede che per raggiungere i grandi esseri sia necessario perseguire un livello superiore di conoscenza interiore (Insight), dall’altra Laurence, che invece crede nell’utilizzo e nella condivisione del sangue degli antichi per evolvere l’umanità.
Laurence, insieme ad altri studiosi al lui affini, si distacca dall'accademia e fonda l’Healing Church a Yahrnam. I sacerdoti della chiesa incominciano a somministrare il sangue agli abitanti della città, e la chiesa guadagna sempre più prestigio e potere nel contesto della città.
A un certo punto il sangue degli antichi porta alla luce la bestialità insita nella natura umana, e alcune persone iniziano a trasformarsi in bestie (Scourge of the Beast).
La trasformazione più comune è la licantropia, ma altri tipi di mutazioni sono possibili, forse influisce il tipo di sangue utilizzato. Probabilmente lo stesso Laurence a un certo punto subisce la trasformazione, come indica il teschio cornuto nella cattedrale nel filmato post scontro con il vicario.
Si rende necessario contrastare questo fenomeno, dapprima in maniera discreta, agendo nell’ombra per tenere all’oscuro gli abitanti. Gehrman (probabilmente anche lui proveniente da Byrgenwerth) diventa il primo cacciatore, e crea l’antico workshop sotto la cattedrale, dove in solitudine forgia armi e strumenti atti all’uccisione delle bestie, e costruisce una bambola per compagnia.
Gehrman in qualche modo (forse tramite un Third Umbilical Cord) entra in contatto con la Moon Presence, un grande essere che è in realtà la causa della piaga delle bestie. La Moon Presence, come tutti i grandi esseri è impossibilitata ad avere figli ed è alla ricerca di un figlio surrogato, che trova in Gehrman, dando vita al suo sogno del cacciatore, in cui lo stesso Gehrman rimane intrappolato.
Anche altri cacciatori vengono richiamati nel sogno e guidati da Gehrman (fra questi Djura e Eileen), e tramite la comunione con il grande essere evolvono e aumentano il proprio potere tramite il sangue.
A un certo punto a Yarhnam inizia a diffondersi rapidamente (probabilmente a causa della somministrazione di sangue) una forma di avvelenamento nota come Ashen Blood, che muta le persone in bestie. La situazione va fuori controllo, non è più possibile tenere nascosta la piaga delle bestie e la chiesa manda i suoi cacciatori a bruciare completamente la città (fra questi cacciatori è presente Djura che poi si pentirà e abbandonerà la caccia).
La parte della città dove ha avuto luogo l'epidemia viene sigillata e viene istituita la caccia, un evento che si ripete ciclicamente per ripulire la città quando si manifesta la piaga delle bestie. La caccia ha luogo nell’arco di una notte, e raggiunge il suo apice quando la luna diventa di colore rosso pallido (Paleblood). Gli abitanti della città vengono addestrati e armati dalla chiesa per prendere parte alla caccia.
Nel frattempo, a Byrgenwerth, Master Willem prosegue la sua attività, convinto che la vera conoscenza risieda all’interno dell’individuo che abbia raggiunto con lo studio e la ricerca interiore un grado di consapevolezza superiore. In qualche modo riesce ad entrare in contatto con un grande essere, Rom, e ne diventa il figlio surrogato. Rom realizza l’ideale di conoscenza interiore di Master Willem, ma ironicamente questo fa diventare lo studioso una sorta di vegetale. L’evocazione di Rom ha anche l’effetto di celare la presenza degli antichi ai comuni mortali, almeno fino a quando il giocatore non lo uccide, sollevando l'incantesimo.
Intanto la chiesa continua ad inviare esploratori (i Tomb Prospector) nei labirinti Pthumeriani, dove a un certo punto viene trovato nientemeno che un grande essere in carne ed ossa, ovvero Ebrietas, che per qualche ragione possiede una manifestazione corporea nel mondo reale, a differenza degli altri grandi esseri.
Ebrietas viene condotta nell’Upper Church per ulteriori ricerche, dove gli studiosi realizzano che i grandi esseri provengono dal cielo, che è un tutt’uno con il cosmo e da cui proviene Ebrietas.
Viene fondato il Choir, situato nell’Upper Church, per perfezionare il contatto con Ebrietas. Vengono condotti esperimenti sui bambini dell’orfanotrofio, che tramite il contatto con Ebrietas, mutano in emissari del cielo (Kin of the Cosmos).
Nel frattempo, altri membri della chiesa formano la scuola di Mensis, nel villaggio di Yahar’Gul, con l’obbiettivo di creare un grande essere. I loro metodi sembrano essere i più deviati e insani. I membri della scuola si mettono delle gabbie in testa per isolarsi dall’esterno e rapiscono le persone per effettuare i loro esperimenti.
Alla fine riescono nel loro intento evocando la Wet Nurse, probabilmente sfruttando come esca/catalizzatore un finto Mergo, il figlio morto in grembo dell’antica regina Yarhnam e del grande essere Oedon, e come surrogato Micolash, la cui mente deviata genera un incubo terrificante che uccide all’istante tutti i membri della scuola.
Viene generato un grande essere deforme, il cervello pieno di occhi che si trova nell’incubo, figlio dell’insana brama di conoscenza di Micolash e della scuola di Mensis.
Veniamo al giocatore.
Il giocatore è uno straniero, giunto a Yahrnam in cerca del sangue guaritore, forse perché malato. L’iniezione di sangue all’inizio del gioco fa perdere al giocatore la memoria, dopodiché quest’ultimo rimane coinvolto nella caccia.
La sorte del cacciatore dipende dalla scelta finale:
1. muore nel sogno del cacciatore: il giocatore si risveglia nel mondo reale come era successo in precedenza a Eileen a a Djura. la notte della caccia è finita ma si ripeterà ancora.
2. uccide Gehrman: il cacciatore diventa il nuovo figlio surrogato della Moon Presence, e il sogno del cacciatore va avanti.
3. consuma 3 parti di cordone ombelicale: la Moon Presence non riesce ad assimilare il giocatore, che ha quindi l’opportunità di ucciderla. A questo punto il giocatore trascende la caccia e diventa egli stesso un grande essere.
