Sì, puoi scambiare i libri tra Kobo e Kindle, però, se li acquisti sui siti che hanno i DRM (tra cui Amazon, il sito Feltrinelli e credo anche lo store del Kobo), devi prima rimuovere il DRM ed eventualmente convertirli.
Sono più o meno equivalenti, non si può dire che uno dei due sia superiore all'altro. Se però abitualmente acquisti su Amazon e hai già un account lì, forse è più pratico un Kindle, visto che sei già entrata in quell'ambiente.