Spiego meglio, in pratica se si ha solo il root (Super SU, Busybox, etc.) non c'è problema, ma se un custom kernel (io uso una variante del Franco Kernel) ha modificato un qualche file di sistema, o se si è installata qualche applicazione come di sistema (io ho Cerberus) bisogna ripristinare la situazione ad una totalmente stock, altrimenti l'aggiornamento OTA dà errore.
L'alternativa è fare quella globale, ma si perde tutto quanto c'è sul telefono (e non era il caso).
Quindi ho scaricato una JDQ39 (la 4.2.2), ho estratto boot.img e system.img, poi li ho sparati sul telefono con Fastboot (un sistema per flashare roba direttamente da adb da PC) in modo da ripristinare la stock (a cui ho aggiunto Super SU di mia sponte).
A quel punto mi ha accettato il flash della OTA tramite recovery.
[EDIT] Accettato una rapa. Mi ha dato un FAIL epico dopo aver flashato tutto.
Benissimo, come minimo mi avrà sbragato il sistema operativo.