Niente, googlando è venuto fuori che ... è un casino
Alcune app semplicemente si connettono direttamente alla rete senza passare per il proxy (che a questo punto però direi è stato implementato male. Se mi obblighi a fissarlo per la rete (anche se per il soloprotocollo HTTP) mi aspetto che le app che usano HTTP debbano passarci per forza, altrimenti cosa lo imposto a fare, tanto più che in virtù di questo le app (almeno tutte quelle che ho visto io) non prevedono impostazioni singole per il proxy) e quelle che non usano HTTP sono ovviamente bloccate, compresa Mail. Insomma, un gran casino
Capisco che è un sistema relativamente giovane, però in informatica un anno è un'eternità, e oltretutto iOs nuovo è uscito da pochissimo, quindi per un po' il problema rimarrà...