Si, il progresso delle sidequest viene 'salvato' a prescindere dalla run/percorso (quando sarà il momento capirai perfettamente come funziona) in cui ci si trovi, quindi è tutto molto libero e in ogni caso 'recuperabile' in seguito in caso (buona parte si possono fare subito e sono accessibili in tutte le run, altre sono 'esclusive' per specifiche run)
In larga parte sono fetch quest ahimé ma non mancano quelle interessanti anche da giocare, alcune sono un pò segrete/nascoste ma decisamente molto peculiari.
Però vero che grossomodo il senso nel farle sta soprattutto nel fatto che, magari durante lo svolgimento o al loro termine, lasciano sempre qualcosa di interessante narrativamente, che sia un collegamento o anticipazione su eventi di trama, approfondimento del significato dietro determinate boss fights o personaggi, dialoghi e riflessioni di un certo peso. Quindi direi che dipende anche da quanto ci si sente coinvolti nel contesto, trama e mondo di gioco, in caso contrario si può anche saltare quelle che proprio richiedono troppo andirivieni (ah occhio che a un certo punto il problema del backtracking viene mitigato) considerando che si potrà recuperare in seguito, alcune le farei comunque perché sono un buon modo per potenziarsi un pò