La trama c'è, è solo che è molto diluita diciamo, poi si nel capitolo 2 le cutscene sono molto ravvicinate tra loro ma è anche perchè hanno tagliato molte delle missioni che sarebbero dovute stare nel mezzo.
Il grosso problema è che non c'è il finale. Nel senso, plot twist a parte, il gioco finisce con Eli, Mantis e i bambini che scappano via con un Metal Gear e un'arma biologica in mano e... stop
Cerca la missione 51 su Youtube, doveva contenere la boss battle finale più la conclusione della vicenda, ma è stata tagliata dal gioco