Come giustamente fatto notare, Scott, oltre ovviamente al suo stesso Alien, ha messo piccoli omaggi a tutti i film della saga.
I problemi di collegamento/continuità/logica con la saga ci sono perchè lo script è stato scritto e riscritto, da prequel ufficiale si è passati a spin-off e poi prequel/spin-off. Dubito fortemente che inizialmente Scott volesse fare un film su un gruppo di esploratori alla ricerca di dio/dei, tagliare totalmente lo xeno dalla storia e dalla schermo, prendere una valanga di comparse per riempire la nave e molte altre assurdità che accadono nel film (che per me, nel momento in cui presenta "l'intervento", diventa di fatto un brutto film di sci-fi, mal montato e con dialoghi ancor più stupidi del primo tempo).