E' un pò la domanda del secolo, e sinceramente non lo so.
Da una parte è una software house in cui lavora da sempre, e senza entrare nella sua testa posso immaginare che sia una decisione che all'occorrenza sarebbe difficile da prendere, così come potrebbe essere per ognuno da noi. Anche perché immagino che a parte la frustrazione della non totale libertà creativa lui in Konami sia sostanzialmente ai ranghi più alti, coccolato e riverito.
E nulla assicura che andando altrove riuscirebbe ad ottenere ciò che cerca.
E secondariamente, posso immaginare che per come Kojima realizza i videogiochi, gli serva un discreto budget, qualcosa che non riuscirebbe probabilmente a fare se aprisse una sua start-up.
Forse un'opzione potrebbe essere Sony. E non lo dico perché sono un playstationaro, ma perché è abbastanza nota per lasciare molta libertà creativa e di tempi ai suoi studios in house (a volta troppa direbbe qualcuno). E sicuramente sarebbe in grado di assicurargli mezzi almeno pari a quelli di Konami.
La sua è indubbiamente una posizione difficile, stretto tra le pressioni del suo team, del management di Konami, e le aspettative dei fans stessi.