Deve essere predisposto il client, non tutti lo supportano. Se Transmission e' lo stesso che c'e' sotto linux al 99% non supporta magnet link, ma fai un giro di google per esserne sicuro.
Non credo dipenda da Safari, li supporta pure il browser stock di Android, insomma, tutti i browser moderni non dovrebbero avere problemi
E' sicuramente una combo browser+client, un po' come quando cliccando i link dell'apple store ti cerca di aprire iTunes, per intenderci