Il gioco racconterà di come la società del futuro sarà divisa in caste di potenziati e persone normali. Il protagonista del gioco sarà sempre Adam Jensen, già visto in Human Revolution. La storia ci porterà in diverse parti del mondo, anche se rimane misteriosa nel suo complesso.
Ad esempio uno dei luoghi visitabili sarà Praga, la capitale della Repubblica Ceca, mentre uno dei nemici sarà un ufficiale dell'Augmented Rights Coalition, Victor Marchenko, di cui per ora non si sa moltissimo.
Il giocatore potrà scegliere se agire in modo più furtivo o se combattere direttamente. L'intelligenza artificiale dei nemici è stata migliorata rispetto a Deus Ex: Human Revolution e ora il gioco è più difficile. I nemici si muovono in gruppo e nel caso si accorgano di qualche stranezza non esitano a chiamare i loro colleghi per controllare le zone buie. Niente più soldati solitari, quindi.
Anche le sparatorie saranno più difficili, visto che i nemici tenteranno di accerchiare Jensen per prenderlo di sorpresa. A compensare la sfida ci saranno nuovi impianti più efficienti. Ad esempio Adam non soltanto potrà vedere i nemici attraverso le pareti, ma potrà anche scansionarli per scoprire se trasportano apparecchi elettronici o munizioni. I poteri di hacking permetteranno di violare le torrette e i computer dalla distanza.
Tra le nuove armi ci sarà la possibilità di sparare la lama già vista in Human Revolution e quella di lanciare delle bombe fumogene per accecare i nemici, per poi eliminarli individuandoli con i raggi X. Emerse online altre informazioni su Deus Ex: Mankind Divided Jensen avrà anche dei sistemi difensivi, come un nano-scudo che farà rimbalzare i proiettili in arrivo.
Tornando sulla trama, tutto ciò che ci è dato di sapere è che non si potrà importare uno dei salvataggi del predecessore. Quindi niente seguito ai quattro finali. Ci sarà una linea canonica, che ad esempio comprende un nuovo pilota dell'aero usato da Jensen. Si chiamerà Elias e, se avete giocato al vecchio capitolo potete immaginare cosa ciò significhi (evitiamo spoiler). Ovviamente le scelte fatte in gioco influenzeranno la trama.
