Inizio a rispondere qui a Shape, che sta contemplando una vacanza in Giappone a Novembre:
1) Viaggio: credo che con alitalia da Roma i biglietti siano particolarmente economici (almeno, tutte le volte che ho controllato voli vari dall'Europa con expedia le soluzioni piu' accessibili erano sempre quelle via Fiumicino con Alitalia, per cui...). Per spostarti in loco puoi usare il Japan Rail Pass, da acquistare direttamente dall'Italia: ~400 sacchi ti danno accesso illiminato a tutti i treni JR (comprese le linee JR metropolitane a Tokyo e gli Shinkansen) per due settimane. In alternativa, puoi anche considerare un noleggio auto (ho fatto un viaggio tutto in macchina questo Luglio, ed e' sorprendentemente agevole, nonche' estremamente comodo)
2) Itinerario: qui dipende dai gusti ovviamente, ma per una prima volta includerei almeno 5gg a Tokyo, 1 giorno a Kamakura o a Nikko (entrambe belle, come si diceva qualche post piu' su, la prima sul mare, la seconda in montagna e un po' piu' distante da Tokyo - potendo scegliere preferirei di gran lunga Nikko), poi Kyoto per 3gg, Nara 1gg con cena e pernottamento a Osaka (Osaka merita molto di sera, molto vivace e meno "perfettina" rispetto al resto del giappone) e poi... Beh, io ho visto quest'anno per la prima volta Hiroshima (con annessa Miyajima) e mi sento di consigliarle: citta' molto vivace, ed esperienza del peace memorial assolutamente sconvolgente (roba da chiedersi cosa cavolo studiamo noi in storia nelle scuole).
In alternativa, puoi valutare lungo la stessa orizzontale un passaggio nello Shikoku (la quarta isola giapponese in termini di estensione), che ho visto quest'anno per la prima volta e trovato delizioso: piu' tradizionale, con popolazione molto aperta, e con una cucina fantastica (nello Shikoku, nei pressi di Hiroshima, c'e' Matsuyama, citta' molto bella, con un onsen fantastico nel palazzo che ha ispirato la citta' incantata: il pacchetto bagni piu' cerimonia del the e' imperdibile).
3) Alloggi: Appena avrai consolidato un itinerario di massima posso darti qualche buona indicazione, specialmente per Tokyo (i.e. in che area dormire, e anche qualche nome di albergo gia' testato
)
4) se ci vai ti posso usare come corriere per shopping giappo
?
Questo per cominciare, fai pure tutte le domande che ti servono!